要让Java源码加密并能运行，可以使用以下步骤：
javac YourSourceFile.java
keytool -genkey -alias YourAlias -keyalg RSA -keystore YourKeystoreFile.keystore
jarsigner -keystore YourKeystoreFile.keystore -storepass YourStorePassword -keypass YourKeyPassword YourClassFile.class YourAlias
这将在字节码文件中嵌入签名信息。
jar cf YourJarFile.jar YourClassFile.class
java -jar YourJarFile.jar
这样，经过签名和打包的JAR文件将包括加密的源代码，并且可以在JRE或JVM中运行。请注意，这只是将源代码加密的基本方法之一。在实际应用中，可能需要更复杂的加密措施来保护源代码的安全性。
