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circos中的pattern怎么使用

发布时间:2021-12-18 15:04:58 来源:亿速云 阅读:124 作者:iii 栏目:大数据

这篇文章主要讲解了“circos中的pattern怎么使用”,文中的讲解内容简单清晰,易于学习与理解,下面请大家跟着小编的思路慢慢深入,一起来研究和学习“circos中的pattern怎么使用”吧!

在官网提供的配置文件示例中,经常会见到pattern这个参数。这个参数的作用和fill_color类似,都用于指定填充的样式,只不过fill_color使用颜色进行填充,pattern则用点和线进行填充。

hisograms, heatmaplinks这3种block 中,可以使用pattern参数,指定填充的样式,用法如下:

pattern = checker

pattern参数的取值范围包括以下9种:

  1. solid

  2. hline

  3. hline-sparse

  4. vline

  5. vline-sparse

  6. checker

  7. checker-sparse

  8. dot

  9. dot-sparse


在软件的安装目录下的etc/patterns.conf中,保存了pattern的配置信息

circos中的pattern怎么使用

tiles目录下,可以找到每种样式对应的图片。根据名字,可以把分成以下5大类别

1. solid

circos中的pattern怎么使用

2. hlines

hlines :

circos中的pattern怎么使用
hlines-sparse :

circos中的pattern怎么使用

3. vlines

vlines :

circos中的pattern怎么使用
vline-sparse:

circos中的pattern怎么使用

4. checker

checkers :

circos中的pattern怎么使用
checkers-sparse:

circos中的pattern怎么使用

5. dots

dots :

circos中的pattern怎么使用
dots-sparse :

circos中的pattern怎么使用

solid代表完全填充,hlines代表水平线填充,vlines代表竖线填充,checker代表格子填充,dots代表用点填充;加上sparse后缀,相比不加后缀时,会稀疏一点。

pattern默认的样式都是白底黑字,可以结合color属性来改变其颜色。有以下两种写法:

1. 指定一个具体的颜色

示例

color = red
pattern = hlines

此时白色的背景依然不会变,但是默认的黑色的字体会替换成红色

2. 指定替换的模式

示例

color = white:red,black:orange

冒号分隔的两个颜色代表替换的意思,white:red表示将默认的白色背景替换成红色,black:orange代表将黑色替换成橙色。

结合patterncolor, 可以使得填充更加的多元化。看一个例子

circos中的pattern怎么使用

对应的配置文件为

<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>
<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>
karyotype = data/karyotype/karyotype.human.txt
<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>
chromosomes_units           = 1000000
chromosomes_display_default = yes
<links>
<link>
file   = data/8/15/links.txt
ribbon = yes
flat   = yes
radius        = 0.95r
bezier_radius = 0r
crest         = 0.2
<rules>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
color      = black:dblue,white:vlblue
z          = 10
</rule>
<rule>
condition  = rand() < 0.5
pattern    = eval((qw(hline vline checker dot))[rand(4)])
z          = 5
</rule>
</rules>
</link>
</links>
<<include etc/housekeeping.conf>>

感谢各位的阅读,以上就是“circos中的pattern怎么使用”的内容了,经过本文的学习后,相信大家对circos中的pattern怎么使用这一问题有了更深刻的体会,具体使用情况还需要大家实践验证。这里是亿速云,小编将为大家推送更多相关知识点的文章,欢迎关注!

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