本篇内容介绍了“如何使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!
MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件,集成了以下几款软件
MEME
DREME
CentriMo
Tomtom
FIMO
SpaMo
适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。首先通过MEME
和DREME
两款软件预测de novo motif, 然后利用CentriMo
识别在序列的中心区域显著富集的motif, 同时采用Tomtom
软件将预测到的de novo motif与指定数据库的已知motif进行比对,确定二者的相似度。最后利用FIMO
软件预测motif在输入序列上的结合位点。
在线工具的网址如下
http://meme-suite.org/tools/meme-chip
只需要提供输入序列就可以了
默认情况下,自动提取输入序列中心区域上下游各50bp的序列用于后续分析,因为DREME
软件针对长度在100bp左右的序列其效果最佳。
输出结果如下所示
第一列为motif对应的sequence logo, 第二列为识别到给motif对应的软件,第三列为motif对应的E value, 第四列为Tomtom
比对得到的已知motif, 第五列为Centrimo
分析得到的motif结合位点在输入序列上的分布,最后一列为SpaMo
和FIMO
软件的分析结果,其中GFF3
文件保存在motif在输入序列上的结合位点。
命令行版本的基本用法如下
meme-chip \
-meme-p 6 \
-oc out_dir \
-db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \
input.fna
其中-meme-p
指定运行MEME
时的线程数,MEME
这个软件的运行速度减慢,多线程可以提高运行速度,-db
参数指定已知motif的数据库,在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。
相比MEME
和DREME
, MEME-ChIP
功能更加的强大。
“如何使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注亿速云网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!
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