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bedtools 转换bam文件为fastq文件
bamToFastq Tool: bedtools bamtofastq (aka bamToFastq) Version: v2.25.0 Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files. Usage: bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FQ> Options: -fq2 FASTQ for second end. Used if BAM contains paired-end data. BAM should be sorted by query name is creating paired FASTQ. -tags Create FASTQ based on the mate info in the BAM R2 and Q2 tags. Tips: If you want to create a single, interleaved FASTQ file for paired-end data, you can just write both to /dev/stdout: bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq
直接转换成fastq 例如可以：
bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmapped.fastq
如果需要区分出bam文件中paired reads 可以：
bamToFastq -i unmapped.bam -fq unmappedRead1.fastq -fq2 unmappedRead2.fastq
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