这篇文章给大家分享的是有关Linux下如何安装conda包管理工具的内容。小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,一起跟随小编过来看看吧。
conda是一个包,依赖和环境管理工具,适用于多种语言,如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN。
直接在搜索引擎搜索 conda 清华,进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…,找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”,点击下载页面,下载软件并安装。(miniconda是anaconda的轻量级替代,安装它就不用安装anaconda,miniconda的功能足够我们后续安装软件使用,不需要同时安装两个),我安装的是miniconda。 根据自己的Linux系统选择安装对应的版本
安装最新版本的linux版示例:bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示:
Please, press ENTER to continue>>># 此处直接点击enter即可=================================== Miniconda End User License Agreement =================================== .......# 这里点击好几次空格键,直到出现下面行Do you accept the license terms? [yes|no] [no] >>># 这里输入yes,点击enter# 如果输入错误,比如输入yess,又删除不了,此时你应该按enter,重新输入yes即可[/home/you/miniconda2] >>># 遇到此处时,直接enter即可# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径installation finished. Do you wish the installer to initialize Miniconda2in your /home/you/.bashrc ? [yes|no] [no] >>># 这里输入yes# 刚开始学的人最好输入yes,目的是让conda自动给你配置环境变量# 输入yes的结果是:~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下:# added by Miniconda2 4.5.12 installer....... Thank you for installing Miniconda2!# 出现这个代表安装成功# 执行下面语句source ~/.bashrc# 执行后,本身就是没有任何提示conda --help# 出现conda的帮助文档信息,即表明conda安装成功# 这里很重要,不管安装什么软件,都要检测是否安装成功!# 如下所示usage: conda [-h] [-V] command ... conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages. Options: ......# 继续调取conda子命令的帮助文档,如conda create --helpconda install --help
因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样,因此软件安装成功后,必须配置镜像;但是不同于R安装包,这里软件安装一次,只需要设置一次镜像,此后不需要再次设置!
当然,R语言也可以通过写配置文件,达到一次设置,永久使用镜像的目的。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes
将上述语句,一句一句运行在linux命令行上,即复制一句,按一下enter键,原则上没有任何提示即为设置成功; 配置信息保存在 ~/.condarc
里,cat ~/.condarc
即可查看!
安装软件前,先设置一个小环境,不要直接在自己账户的当前环境内安装软件;
怎么理解这句话呢?比如你在家里的储藏室放了A东西,但是你还可以再放进去一个柜子,柜子里还可以继续储藏东西,这个柜子就类似一个小储藏室,一个小环境,并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~
你可以创建很多小环境名,有的小环境坏了,你不要就可以了,就好比柜子坏了,你可以扔了,但是如果你把自己账户环境折腾坏了,好比储藏室被你搞坏了,那恢复的代价就高了~~~
conda create -n rna# 创建一个小环境名为rnaconda install python=2# 安装python 2版本# 以上两句话可以等同于一句命令:conda create -n rna python=2
查看小环境
conda info -e conda info --envs conda env list# 都是来查看已经存在小环境名的# 运行后如下:rna即为刚刚建立成功的小环境名$ conda info -e# conda environments:#base * /home/you/miniconda2 rna /home/you/miniconda2/envs/rna 进入小环境 创建小环境后,安装软件前,一定要进入/激活小环境在安装,否则会安装到当前账户环境下。source activate rna:激活小环境名为rna的环境 激活成功显示为:(rna) you 16:49:30 ~,用户名前多了(rna)
创建小环境后,安装软件前,一定要进入/激活小环境在安装,否则会安装到当前账户环境下。
source activate rna
:激活小环境名为rna的环境
激活成功显示为:(rna) you 16:49:30 ~,用户名前多了(rna)
从conda网页内查找:http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
conda search PACKAGENAME
:运行命令查找是否存在
推荐第一种;
第一步:先从bioconda镜像查看软件名具体是什么?一个字母都不能错
第二步:conda install 软件名
第三步:成功调取软件帮助文档==确定安装成功
这里有点类似R包的安装,装后需要library()一下,才能确认安装成功
安装方法:conda install -y sra-tools trim-galore
参数解释:-y要不要均可,是问你同不同意安装,不要的时候,需要手动输入一个y,自己尝试后就理解了这句话含义;sra-tools trim-galore安装两款软件,默认安装最新版; 注意 trim-galore 一个字都不能错,一个字都不能错,重要的事情说三遍!
conda install numpy=1.11
:即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11
conda install numpy==1.11
:即精确安装numpy为1.11的版本
Constraint type | Specification | Result | |
---|---|---|---|
Fuzzy | numpy=1.11 | 1.11.0, 1.11.1, 1.11.2, 1.11.18 etc. | |
Exact | numpy==1.11 | 1.11.0 | |
Greater than or equal to | “numpy>=1.11” | 1.11.0 or higher | |
OR | “numpy=1.11.1 | 1.11.3″ | 1.11.1, 1.11.3 |
AND | “numpy>=1.8, | 1.8, 1.9, not 2.0 |
conda update conda
:更新conda
conda update bwa
:更新bwa;前提是已经安装成功bwa
conda list
:在当前小环境下,列举所有安装软件。
示例:
source activate rna
conda list
列举rna小环境内安装的所有软件
conda deactivate
: linux下conda退出小环境命令
conda env remove --name bio-env
:删除小环境及里面的内容
先安装python,才能使用pip安装python的软件,如pip install multiqc
rm -r /home/you/miniconda2
然后按照上述步骤重新安装!
报错如下;
CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url Elapsed: -An HTTP error occurred when trying to retrieve this URL.HTTP errors are often intermittent, and a simple retry will get you on your way.
实际上,我已经设置好了镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yesconda config --showconda install -y -c bioconda homer
人为指定channel 可以解决bug
conda install -y -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda homer
事实上不可能有十全十美的工具,conda非常简易的管理了多个软件流程,那么必然也会有解决不了的事情,必然同一个流程的两个python软件基于不同版本的python包,就尴尬了。
Solving environment: failedUnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict: - rsemUse "conda info " to see the dependencies for each package.
没什么好的办法,只能说把冲突的工具安装到不同的子环境。
Solving environment: failedPackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels: - salmon - boost=1.64 - salmon - libcxx==4.0.0
conda: command not found# 表明环境变量里找不到conda这个软件# 出错原因:.bashrc里没有配置conda的PATH或者配置过但是没有source ~/.bashrc# 检验方法:运行echo $PATH,查看是否含有conda安装路径Warning: 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge' already in 'channels' list, moving to the top# 表明之前已经运行过这句代码# 复制镜像配置语句时复制错误,需要重新配置时,需要删除镜像配置文件rm ~/.condarc # 然后重新配置,参考miniconda配置镜像
一步安装conda并且配置好一个ngs组学环境
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# miniconda2软件下载成功bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh# 遇到yes/no输入yes,其他直接enter搞定source ~/.bashrcconda --help# miniconda2安装成功,并成功配置好环境变量conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yes# 配置镜像成功conda create -n rna python=2# 创建小环境成功,并成功安装python2版本# 每建立一个小环境,都要装一个python=2的软件作为依赖source activate rna# 成功激活进入小环境,即可安装软件conda install -y fastqc# 出现三个done,即表示安装成功,否则重新提交命令fastqc --help# 成功出现帮助文档,fastqc软件安装成功conda install -y sra-tools# 出现三个done,即表示安装成功,否则重新提交命令prefetch --help# 成功出现帮助文档,sra-tools软件安装成功# 安装什么软件,并不等于调用什么命令--helpsource deactivate# 成功退出rna小环境# 或直接退出当前账户
感谢各位的阅读!关于“Linux下如何安装conda包管理工具”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,让大家可以学到更多知识,如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到吧!
免责声明:本站发布的内容(图片、视频和文字)以原创、转载和分享为主,文章观点不代表本网站立场,如果涉及侵权请联系站长邮箱:is@yisu.com进行举报,并提供相关证据,一经查实,将立刻删除涉嫌侵权内容。