防止服务器被黑客入侵的方法：1、采用NTFS文件系统格式，能单独设置访问权限和分开存放敏感信息和服务信息；2、做好服务器系统备份，避免数据丢失；3、关掉不需要的服务和端口，如默认的共享远程注册表访问；4、安装防火墙和杀毒软件，进一步增强安全防御；5、开启事件日志服务能间接抵御黑客入侵，记录黑客行为轨迹；6、在RAS使用上开启回叫功能，可以保证RAS服务器的安全；7、制定稳定性强而有力的安全政策，如对下载未授权软件的行为进行严厉惩罚等。
具体内容如下：
1、采用NTFS文件系统格式
通常我们所用的文件系统格式是FAT或FAT32。而微软的NTFS文件系统格式容量更大、安全系数更高，在这个系统里面，任意磁盘都可以单独设置访问权限，分开存放敏感信息和服务信息，这样能够增加黑客入侵的难度，降低敏感信息被盗的风险。
2、做好系统备份
俗话说"有备无患"，防范于未然是明智的做法。将服务器系统备份好，如果遭受入侵和攻击的话，能够及时恢复，避免不必要的麻烦。
3、关掉不需要的服务，只开需要的端口
关掉不需要的服务，细致管理好每项服务。一些系统默认的服务是不需要的，这些服务存在一定的危害，例如：默认的共享远程注册表访问(Remote Registry Service)，注册的时候很多敏感私密信息会填在注册表里，这时候就有潜在的危险性。除了关闭不需要的服务之外，还要关掉不需要的端口，因为这些不需要的端口会泄露操作上的系统私密信息，让黑客清楚知道是什么系统，这样对黑客来说是大大的便利。因此，过滤掉不需要的服务和端口，不仅能够有效预防黑客入侵，而且还能够预防病毒。
4、安装防火墙和杀毒软件
在原有硬件防御系统的基础上，安装防火墙和杀毒软件，可以进一步增强安全防御。
5、打开事件日志服务
开启事件日志服务能够间接抵御黑客入侵，记录黑客行为轨迹，这样方便我们仔细分析系统破坏程度，具体是哪些破坏，黑客有没有留了什么后手以及服务器的一些安全隐患等。对一些高手来说，还能够设置好"蜜罐"，做好"陷阱"，请黑客"入瓮"，抓住黑客。
6、在RAS使用上开启回叫功能
RAS就是远程访问，然而，一个RAS服务器为黑客入侵系统提供了便利，要知道，黑客只需要一个电话号码就可以入侵一台主机。因此，当远程用户使用的是不太变动的电话号码，就要在RAS使用上开启回叫功能，能够允许远程用户登陆后及时切断连接，随后会自动拨通一个预定义的电话号码，黑客对于预先设定好的电话号码是没有机会能够入侵系统的，这样可以保证RAS服务器的安全。
7、制定一个稳定强有力的安全政策
一个稳定强有力的安全政策能够提高安全性，要保证每一个人员都知道这个政策并有效执行下去，例如对于下载未授权软件的行为就要进行严厉的惩罚。此外，还要及时清除或禁用离职员工的用户账号，消除不必要的隐患。
