在Linux系统中，要确保PHP安全运行，可以遵循以下建议：
保持系统和软件更新：定期更新操作系统和PHP软件包，以修复已知的安全漏洞。
使用最小权限原则：为用户和组分配最小的权限，以限制对系统资源的访问。避免使用root用户运行PHP脚本。
配置PHP安全选项：编辑php.ini文件，配置安全选项，例如：
使用安全的文件上传：对上传的文件进行安全检查，例如检查文件类型、大小和扩展名。将上传的文件存储在一个受限制的目录中，并确保该目录不可执行。
防止SQL注入：使用预处理语句（例如PDO或MySQLi）来防止SQL注入攻击。避免直接将用户输入拼接到SQL查询中。
使用安全的密码处理：使用PHP的内置函数（如password_hash()和password_verify()）来处理密码，避免使用不安全的密码哈希算法。
防止跨站脚本攻击（XSS）：对用户输入进行过滤和转义，使用htmlspecialchars()或htmlentities()函数来防止XSS攻击。
使用安全的会话管理：使用session_regenerate_id()函数定期更新会话ID，设置安全的会话cookie属性（如httponly和secure），并确保会话数据存储在一个受限制的目录中。
定期审查代码：定期审查代码以检查潜在的安全问题，并使用安全编码实践来编写代码。
使用安全配置的Web服务器：配置Web服务器（如Apache或Nginx）以遵循最佳安全实践，例如使用HTTPS、限制访问特定目录和使用安全模块。
通过遵循以上建议，可以在Linux系统中更安全地运行PHP应用程序。
