系统升级与兼容性问题
Ubuntu的升级过程（尤其是从LTS版本升级）常被用户反映存在稳定性隐患，如界面死机、系统崩溃等。此外，Snaps包的强制使用虽提升了安全性，但其自动更新机制与兼容性问题备受诟病——部分应用因Snap的沙盒环境无法正常运行，或因自动更新导致功能失效，严重影响用户体验。
依赖关系管理缺陷
Ubuntu的APT包管理系统存在严重的依赖关系问题。例如，卸载一个基础应用（如ibus输入法框架）可能引发连锁反应，导致gnome-control-center（系统设置）、gnome-shell（桌面环境）等核心组件被误移除，最终造成系统崩溃。这种“牵一发而动全身”的依赖设计，让普通用户在软件管理中面临高风险。
硬件兼容性与驱动问题
尽管Ubuntu支持多种硬件，但部分硬件（如特定型号的NVMe固态硬盘、AMD GPU）的兼容性仍存在问题。例如，Samsung PM1733 NVMe盘在高IO写入时，因Linux内核NVMe驱动的race condition（竞态条件）导致系统硬锁或重启；AMD EPYC Rome处理器的微码不兼容或BUG，可能引发内核崩溃。此外，linux-firmware固件包体积不断增长，更新频繁且占用大量资源，进一步加剧了硬件兼容性风险。
内核与容器稳定性问题
Ubuntu内核的稳定性问题时有发生。例如，Ubuntu 20.04 LTS的HWE（硬件支持栈）内核移植了21.10的5.13内核（该内核分支已停止维护），导致Docker容器启动时出现kernel panic；Overlayfs（容器常用的联合文件系统）与AMDGPU驱动、Mesa图形栈的组合问题，也可能引发容器崩溃。这些问题直接影响服务器与容器的稳定性，尤其对生产环境造成威胁。
安全漏洞威胁
Ubuntu并非“免疫”安全漏洞。2024年，Qualys报告指出，Ubuntu的needrestart程序存在多个本地权限提升（LPE）漏洞，攻击者可利用这些漏洞突破沙盒限制，获取系统root权限，对数据安全与系统完整性构成严重威胁。
社区与技术选择争议
Ubuntu的一些技术决策被认为偏离了开源社区的主流。例如，Unity桌面环境、自研的Upstart（初始化系统）、Mir（显示服务器）等技术与上游社区脱节，导致社区参与度下降；同时，Ubuntu在桌面市场的激烈竞争中，为追求新功能与硬件支持，牺牲了部分稳定性，导致部分用户转向Fedora等更注重稳定性的发行版。
