在Linux环境下，使用Tomcat部署的Java Web应用程序可以通过以下几种方法来防止SQL注入攻击：
String sql = "SELECT * FROM users WHERE username = ? AND password = ?";
PreparedStatement pstmt = connection.prepareStatement(sql);
pstmt.setString(1, username);
pstmt.setString(2, password);
ResultSet rs = pstmt.executeQuery();
使用ORM框架：对象关系映射（ORM）框架如Hibernate、MyBatis等可以将数据库操作抽象为Java对象操作，从而避免直接编写SQL语句。这样可以有效防止SQL注入攻击。
输入验证：对用户输入的数据进行严格的验证，例如限制输入长度、检查数据类型等。可以使用正则表达式或其他验证库来实现。
参数化查询：参数化查询是一种将用户输入的数据作为参数传递给SQL查询的方法，而不是将数据直接拼接到SQL语句中。这样可以有效防止SQL注入攻击。
使用Web应用防火墙（WAF）：部署Web应用防火墙可以帮助识别和阻止SQL注入攻击。WAF可以分析HTTP请求和响应，检测并拦截恶意请求。
最小权限原则：为数据库账户分配尽可能少的权限，以减少SQL注入攻击的影响。例如，只允许用户执行SELECT操作，而不允许执行INSERT、UPDATE或DELETE操作。
定期更新和修补：定期更新Tomcat、Java运行环境和应用程序依赖的库，以修复已知的安全漏洞。
通过以上方法，可以在很大程度上防止Linux环境下Tomcat部署的Java Web应用程序受到SQL注入攻击。
