SQL服务器的狭隘的、保守的存储引擎，而MySQL服务器的开放的、可扩展的存储引擎；MySQL并不完全支持陌生的关键词，比SQL服务器少一些相关的数据库。同时，MySQL也缺乏某些存储程序的功能，如MyISAM引擎联支持交换的功能。
2.性能方面
mysql数据库与磁盘非常地兼容且不占用过多的CPU和内存，MySQL可以运行于Windows系统而不会发生冲突，在UNIX或类似UNIX系统上运行则更好；而SQL服务器的稳定性要比MySQL好，但是也必须增加额外复杂操作，磁盘存储，内存损耗等等。
3.安全方面
MySQL有一个用于改变数据的二进制日志，这一日志能够快速地从主机上复制数据到客户机上，即使服务器崩溃，这一二进制日志也会保持完整，而且复制的部分也不会受到损坏； 在SQL服务器中，也可以记录SQL的有关查询，但这需要付出很高的代价。
