保护Ubuntu系统文件可从权限管理、加密、访问控制、监控审计等方面入手，具体措施如下：
ls -l查看文件/目录权限，chmod修改权限（如chmod 600仅所有者可读写）。chown转移文件所有者，chgrp修改所属组。sudo chattr +i filename。eCryptfs加密现有文件夹。VeraCrypt创建加密容器，或GnuPG加密单个文件。AppArmor或SELinux限制程序权限，配置策略文件。ACL（访问控制列表）精细化控制文件访问权限。ufw防火墙限制端口和服务，关闭不必要的访问。root远程登录，使用密钥认证SSH。auditd监控文件访问，配置规则跟踪敏感文件操作。rsync或tar工具存储到安全位置。sudo apt update && sudo apt upgrade，修复漏洞。
