R语言怎么在metadata中添加基因表达数据

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merge_metadata_genexpdata.r  在metadata中添加基因表达数据

使用说明：

metadata添加基因表达结果。 基因表达文件行为不同基因，列为不同样本， 只要是列为不同样本的文件都可以用这个脚本合并到metadata中；

$Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -h
usage: /share/nas1/huangls/test/TCGA_immu/scripts/merge_metadata_genexpdata.r
       [-h] -m metadata -g expset -b by [--log2] [-o outdir] [-p prefix]
merge metadata and gene expression：
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -m metadata, --metadata metadata
                        input metadata file path with suvival time [required]
  -g expset, --expset expset
                        input gene expression set file [required]
  -b by, --by by        input sample ID column name in metadata [required]
  --log2                whether do log2 transfrom for expression data
                        [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]
  -p prefix, --prefix prefix
                        out file name prefix [default cox]

参数说明：

-m  指定metadata文件：

-g  指定要合并的 文件：

使用举例：

将免疫浸润的结果合并到metadata中方便后续做比较分析：

Rscript $scriptdir/merge_metadata_genexpdata.r -m  ../08.Nomogram/nomogram_metadata.tsv -g ../03.TIME/immu/timer.res.tsv \
   -b barcode -p metadata_risk_score_timer

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