R语言的immune_infiltrates_rnaseq.r RNA-seq怎么用

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immune_infiltrates_rnaseq.r RNA-seq 转录组数据免疫侵润分析

使用方法：

$ Rscript immune_infiltrates_rnaseq.r -h
usage: immune_infiltrates_rnaseq.r
       [-h] -i expset [-g gene.info] [-t type] [--tpm] [-o outdir]
RNA seq 免疫侵润分析. In general values should be TPM-normalized ,not log-
transformed.
optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -i expset, --expset expset
                        input gene expression set matrix from RNA-seq data tsv
                        format [required]
  -g gene.info, --gene.info gene.info
                        input gene info data [required]
  -t type, --type type  TIMER uses indication-specific reference profiles.
                        [optional]
  --tpm                 whether convert fpkm to tpm [optional, default: False]
  -o outdir, --outdir outdir
                        output file directory [default cwd]

参数说明：

-i 输入基因表达量文件，建议用TPM标准化之后的数据，如果是FPKM可以设置--tpm进行转换；第一列ID为基因NAME

-t 指定癌症类型， TIMER计算需要，可以指定类型，如果不指定 不输出TIMER的分析结果：

# "kich" "blca" "brca" "cesc" "gbm"  "hnsc" "kirp" "lgg"  "lihc" "luad"

# "lusc" "prad" "sarc" "pcpg" "paad" "tgct" "ucec" "ov"   "skcm" "dlbc"

# "kirc" "acc"  "meso" "thca" "uvm"  "ucs"  "thym" "esca" "stad" "read"

# "coad" "chol"

方法说明：

使用R包：immunedeconv  

可以输出以下方法的免疫侵润分析结果，mcp_counter 需要联网才可以运行，有时报错不出结果；

quantiseq
timer
cibersort
cibersort_abs
mcp_counter
xcell
epic

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