Bowtie2使用方法与参数的示例分析

这篇文章主要介绍了Bowtie2使用方法与参数的示例分析，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。

使用bowtie2进行段序列比对的步骤一般如下：

1.对参考序列构建index

bowtie2-build genome.fasta index

2.序列比对

bowtie2  -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam

必须参数：

-x <bt2-idx>由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀。

-1 <m1>双末端测寻对应的文件1。可以为多个文件，并用逗号分开；多个文件必须和-2<m2>中制定的文件一一对应。

-2 <m2>双末端测寻对应的文件2.

-U <r>非双末端测寻对应的文件。可以为多个文件，并用逗号分开。

-S <hit>所生成的SAM格式的文件前缀。

输出参数：

-t/--time --un <path> 将unpaired reads写入到<path>.

--un-gz <path> 将unpairedreads写入到<path>, gzip压缩.

--un-bz2 <path> 将unpairedreads写入到<path>, bz2压缩.

--al <path> 将至少能比对1次以上的unpairedreads写入<path>.

--al-gz <path> ... ,gzip压缩.

--al-bz2 <path> ... ,bz2压缩.

--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-endreads写入<path>.

--un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.

--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩.

--al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>.

--al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩.

--al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩.

Sam 参数：

--no-unal不记录没比对上的reads.

性能参数：

-p/--threads NTHREADS 设置线程数.Default: 1

--reorder 多线程运算时, 比对结果在顺序上会和文件中reads的顺序不一致, 使用该选项, 则使其一致.

感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的“Bowtie2使用方法与参数的示例分析”这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持亿速云，关注亿速云行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!