perl怎么对组装结果中GAP左右批量设计引物

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#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Cwd qw(abs_path getcwd);
use Getopt::Long;
use Data::Dumper;
use FindBin qw($Bin $Script);
use File::Basename qw(basename dirname);
use Bio::SeqIO;
my $BEGIN_TIME=time();
my $version="1.0";

# ------------------------------------------------------------------
# GetOptions
# ------------------------------------------------------------------
my ($fa,$flank,$epcrfa,$od,$cut,$outprefix,$PRIMER_NUM_RETURN,$PRIMER_OPT_SIZE,$PRIMER_MIN_SIZE,$PRIMER_MAX_SIZE,$PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE,$PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED);
GetOptions(
                "help|?" =>\&USAGE,
"fa=s"=>\$fa,
"flank=s"=>\$flank,
"PRIMER_MIN_SIZE=s"=>\$PRIMER_MIN_SIZE,
"PRIMER_OPT_SIZE=s"=>\$PRIMER_OPT_SIZE,
"PRIMER_MAX_SIZE=s"=>\$PRIMER_MAX_SIZE,
"PRIMER_NUM_RETURN=s"=>\$PRIMER_NUM_RETURN,
"PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=s"=>\$PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE,
"epcrfa=s"=>\$epcrfa,
"od=s"=>\$od,
"prefix=s"=>\$outprefix,
                ) or &USAGE;
&USAGE unless($fa);
sub USAGE {
my $usage=<<"USAGE";
Program: $0
Version: $version
Contact: huang2002003\@126.com 
Discription:
Usage:
  Options:
  -fa Input fa file, forced
  -flank  100     cut 100
  -PRIMER_MIN_SIZE 18 Minimum acceptable length of a primer. Must be greater than 0 and less than or equal to 
                      PRIMER_MAX_SIZE
  -PRIMER_OPT_SIZE 20 Optimum length (in bases) of a primer. Primer3 will attempt to pick primers close to this length.
  -PRIMER_MAX_SIZE 23 Maximum acceptable length (in bases) of a primer. Currently this parameter cannot be 
                      larger than 35. This limit is governed by maximum oligo size for which primer3's melting-temperature 
                      is valid.
  -PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE 100-300 The associated values specify the lengths of the product that the user
                       wants the primers to create, and is a space separated list of elements of the form
  -PRIMER_NUM_RETURN 1 Total num primer to search 
  -epcrfa  run E-PCR to filter multi mapped primers; required; 
  -od Key of output dir,default cwd;
  -prefix defoult demo;
    -h Help

USAGE
print $usage;
exit 1;
}
$PRIMER_MIN_SIZE||=18;
$PRIMER_OPT_SIZE||=20;
$PRIMER_MAX_SIZE||=23;
$PRIMER_NUM_RETURN||=1;
$PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED||=1;
$PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE||="100-300";
$od||=getcwd;
$flank||=100;
$od=abs_path($od);
unless(-d $od){ mkdir $od;}
$outprefix||="SSR";
$fa=abs_path($fa);
$epcrfa||=$fa;
$epcrfa=abs_path($epcrfa);
#################################################################
my%ref=();
my%ref_len=();
my$in  = Bio::SeqIO->new(-file => "$fa" ,
                               -format => 'Fasta');
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
       $ref{$seq->id}=$seq;
       $ref_len{$seq->id}=$seq->length;
}
$in->close();

############find SSR by misa#######################
print "perl /biosoft/MISA/my_misa1.pl $fa $od/$outprefix.misa $od/$outprefix.misa.statistics\n";
system("perl /biosoft/MISA/my_misa1.pl $fa $od/$outprefix.misa $od/$outprefix.misa.statistics");
###########################primer design ###############################
open IN,"$od/$outprefix.misa" or die "$!";
open OUT,">$od/primer3.input" or die "$!";

my%ssr_pos=(); #ssr相关信息
my%SSR=(); # SSR type 
while(my$line=){
chomp $line;
my@tmp=split(/\t/,$line);
next if ($tmp[0] eq "ID");
my$ID="$tmp[0]_$tmp[5]_$tmp[6]_$tmp[4]";
$ssr_pos{$ID}="$tmp[0]\t$tmp[5]\t$tmp[6]\t$tmp[4]\t$tmp[2]";
my$seq=&get_target_fa($tmp[0],$tmp[5]-$flank,$tmp[6]+$flank);
#print $seq."\n";
my$tar=0;
if(($tmp[5]-$flank)<=0){
$tar=$tmp[5];
}else{
$tar=$flank;
}
if ($seq){
$SSR{$ID}=$tmp[3];
print OUT "SEQUENCE_ID=$ID\n";
print OUT "SEQUENCE_TEMPLATE=$seq\n";
printf OUT ("SEQUENCE_TARGET=%d,%d\n",$tar+1,$tmp[4]);
print OUT "SPRIMER_TASK=pick_detection_primers\n";
print OUT "PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1\n";
print OUT "PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1\n";
print OUT "PRIMER_NUM_RETURN=$PRIMER_NUM_RETURN\n";
print OUT "PRIMER_MAX_END_STABILITY=250\n";
print OUT "PRIMER_MIN_SIZE=$PRIMER_MIN_SIZE\n";
print OUT "PRIMER_OPT_SIZE=$PRIMER_OPT_SIZE\n";
print OUT "PRIMER_MAX_SIZE=$PRIMER_MAX_SIZE\n";
print OUT "PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1\n";
print OUT "PRIMER_MIN_GC=40.0\nPRIMER_MAX_GC=60.0\n";
print OUT "PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=$PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE\n";
printf OUT ("SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=%d,%d\n",$tar+1,$tmp[4]);
print OUT "=\n";
}
}
close(OUT);
close(IN);


print "/biosoft/Primer3/primer3-2.3.7/src/primer3_core  -p3_settings_file=/biosoft/Primer3/primer3-2.3.7/default_settings.txt  -output=$od/$outprefix.primers $od/primer3.input\n";
system("/biosoft/Primer3/primer3-2.3.7/src/primer3_core  -p3_settings_file=/biosoft/Primer3/primer3-2.3.7/default_settings.txt  -output=$od/$outprefix.primers $od/primer3.input");
###############################e-PCR #####################
my%Pseq=();
$/="=\n";
open IN ,"$od/$outprefix.primers" or die "$!";
open OUT,">$od/$outprefix.primers.xls" or die "$!";
print OUT "#SEQUENCE_ID\tPRIMER_LEFT_SEQUENCE\tPRIMER_RIGHT_SEQUENCE\tPRIMER_PAIR_PRODUCT_SIZE\tPRIMER_LEFT_TM\tPRIMER_RIGHT_TM\tPRIMER_LEFT_GC_PERCENT\tPRIMER_RIGHT_GC_PERCENT\tSSR\tSSR_TYPE\n";
while(my$line=){
chomp$line;
my@field=split(/\n/,$line);
my%primers=&get_hash(@field);
next if  ! defined($primers{"PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED"}) or $primers{"PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED"}==0;
if($primers{"PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED"}>=1){
for my$i (0..($primers{"PRIMER_PAIR_NUM_RETURNED"}-1)){
$Pseq{"$primers{SEQUENCE_ID}"}{$i}=[$primers{"PRIMER_LEFT_${i}_SEQUENCE"},$primers{"PRIMER_RIGHT_${i}_SEQUENCE"}];
print OUT join("\t",("$primers{SEQUENCE_ID}_${i}",$primers{"PRIMER_LEFT_${i}_SEQUENCE"},$primers{"PRIMER_RIGHT_${i}_SEQUENCE"},$primers{"PRIMER_PAIR_${i}_PRODUCT_SIZE"},$primers{"PRIMER_LEFT_${i}_TM"},$primers{"PRIMER_RIGHT_${i}_TM"},$primers{"PRIMER_LEFT_${i}_GC_PERCENT"},$primers{"PRIMER_RIGHT_${i}_GC_PERCENT"},$SSR{$primers{"SEQUENCE_ID"}}))."\n";
}
}
}
$/="\n";
close(OUT);
print "/biosoft/e-PCR/Linux-x86_64/e-PCR  -w9 -f 1 -m100 $od/$outprefix.primers.xls D=100-400 $epcrfa N=1 G=1 T=3 > $od/$outprefix.epcr.out\n";
system("/biosoft/e-PCR/Linux-x86_64/e-PCR  -w9 -f 1 -m100 $od/$outprefix.primers.xls D=100-400 $epcrfa N=1 G=1 T=3 > $od/$outprefix.epcr.out");
######################################################################################
open IN ,"$od/$outprefix.epcr.out" or die "$!";
open OUT,">$od/$outprefix.primers.result.xls" or die "$!";
my %P=();
while(my$line=){
chomp$line;  
my@tmp=split(/\t/,$line);
next if $tmp[6]+$tmp[7] >1;
$tmp[5]=~s#/.*$##;
my$ssr_id=$tmp[1];
my$num=0;
($ssr_id,$num)=($ssr_id=~/(.*)_(\d+)$/);
$P{$tmp[1]}{"$tmp[1]_$tmp[3]_$tmp[4]"}=[$tmp[1],$ssr_pos{$ssr_id},$Pseq{$ssr_id}{$num}->[0],$Pseq{$ssr_id}{$num}->[1],$tmp[5],@tmp[6..$#tmp]];
}
close(IN);
print OUT "#GAP_ID\tCHR\tGAP_START\tGAP_END\tGAP_LENGTH\tGAP_TYPE\tPRIMER_LEFT_SEQUENCE\tPRIMER_RIGHT_SEQUENCE\tPRIMER_PAIR_PRODUCT_SIZE/PREDICT_RANGE\tMISM\tGAPS\tPRIMER_LEFT_TM\tPRIMER_RIGHT_TM\tPRIMER_LEFT_GC_PERCENT\tPRIMER_RIGHT_GC_PERCENT\tGAP\n";
open OUT1,">$od/$outprefix.NOprimers.result.xls" or die "$!";
for my $id (sort keys %SSR){
for my$i(0..($PRIMER_NUM_RETURN-1)){
if (exists $P{"${id}_$i"}){
my@ps=(keys %{$P{"${id}_$i"}});
if(@ps ==1){
print OUT join("\t",@{$P{"${id}_$i"}{$ps[0]}})."\n";
}
}else{
print OUT1 "${id} not primers\n";
}
}
}
close(OUT);
close(OUT1);
open OUT,">$od/readme.txt" or die "$!";
my $readme=<<"README";
建议使用editplus打开本文件；
*primers.result.xls
#SEQUENCE_ID-- 引物ID （命名规则：GAP所在来源序列_GAP所在位置start_GAP所在位置end_GAP长度_备用引物编号 ; ）
PRIMER_LEFT_SEQUENCE-- 左引物
PRIMER_RIGHT_SEQUENCE-- 右引物
PRIMER_PAIR_PRODUCT_SIZE/PREDICT_RANGE--
MISM--  Total number of mismatches for two primers(ePCR)
GAPS--  Total number of gaps for two primers(ePCR)
PRIMER_LEFT_TM-- 退火温度
PRIMER_RIGHT_TM-- 退火温度
PRIMER_LEFT_GC_PERCENT-- GC含量
PRIMER_RIGHT_GC_PERCENT-- GC含量
GAP-- GAP类型


方法：
2.提取GAP左右及其左右序列，用primer3设计引物[2]
3.用Epcr ，在fasta上电子PCR，去除有多处比较的引物,保证引物扩增的特异性[3]
[1] MISA:Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-derived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.).
[2] Primer3: Untergasser A, Cutcutache I, Koressaar T, Ye J, Faircloth BC, Remm M, Rozen SG (2012) Primer3 - new capabilities and interfaces. Nucleic Acids Research 40(15):e115
[3] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/epcr/
README
print OUT $readme;
close(OUT);
################################################################################
sub get_hash{
my@info=@_;
my%result=();
for my$i(@info){
next if $i=~/^\s*$/;
my($k,$v)=split(/=/,$i);
$result{$k}=$v;
}
return %result;
}
sub get_target_fa(){
my $id=shift;
my $posU=shift;
my $posD=shift;
if($posU<=0){
$posU=1;
}
my $seqobj=$ref{$id};
my $len=$ref_len{$id};
return $seqobj->subseq($posU,$len) if $posD>$len;
my $tri="";
$tri=$seqobj->subseq($posU,$posD);
return $tri;
}

读到这里，这篇“perl怎么对组装结果中GAP左右批量设计引物”文章已经介绍完毕，想要掌握这篇文章的知识点还需要大家自己动手实践使用过才能领会，如果想了解更多相关内容的文章，欢迎关注亿速云行业资讯频道。