python如何读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容

这篇文章将为大家详细讲解有关python如何读取kegg绘图配置文件中的kgml文件内容，小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

kgml

kegg有个kgml文件需要我们读取里面的内容，分享python代码如下：

# -*- coding: utf-8 -*- 
'''
'''
import sys, os, argparse, glob, os.path,time
reload(sys)
sys.setdefaultencoding('utf8')
from pyh import *
import numpy as np
import math
import re
import xml.dom.minidom 
from xml.dom.minidom import  parseString, getDOMImplementation
from collections import OrderedDict
import urllib
import shutil
import codecs
import uuid
from PIL import Image
Bin=os.path.split(os.path.realpath(__file__))[0]    
##########################################################################
dom = xml.dom.minidom.parse(sys.argv[1])
root = dom.documentElement
ff=open(sys.argv[2],"w")
if root.nodeName=='pathway':
    for i in root.childNodes:
        if i.nodeType==1:
            if i.nodeName=='entry':
                link=i.getAttribute('link')
                #print link+'\n'
            for g in i.childNodes:
                if g.nodeName=='graphics':
                    type=g.getAttribute('type')
                    x=g.getAttribute('x')
                    y=g.getAttribute('y')
                    width=g.getAttribute('width')
                    height=g.getAttribute('height')
                    #print "%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n"%(type,x,y,width,height)
            ff.write("%s\t(%s)\t%s\n"%(type,x+','+y+","+width+","+height,link))

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