怎么下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

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代码：

# 筛选primary_site对应的癌症样本
library(GenomicDataCommons)
resp = cases() %>% filter(~ project.project_id=='TCGA-HNSC' &
                            primary_site =='Larynx') %>%
  GenomicDataCommons::select(c(default_fields(cases()),'samples.sample_type')) %>%
  response_all()
resp %>% count()

case_name <- resp$results$submitter_id
# 之后对下载的samplesDown 进行过滤,获得需要下载的sample_download
download_name = substr(samplesDown,1,12)
sample_download <- samplesDown[download_name %in% case_name]

有了sample_download ，就可以采用TCGAbiolinks进行下载了。

把要下载的数据筛选出来之后重新得到query，添加barcode选项指定下载想要的数据：

query <- GDCquery(project = project,
                  data.category = data_category,
                  data.type = data_type, 
                  workflow.type = workflow_type,
                  barcode = sample_download,
#                  sample.type = sample_type,
                  legacy = legacy)

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