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linux下Circos怎么安装

发布时间:2022-01-21 11:22:56 来源:亿速云 阅读:222 作者:小新 栏目:开发技术

这篇文章主要为大家展示了“linux下Circos怎么安装”,内容简而易懂,条理清晰,希望能够帮助大家解决疑惑,下面让小编带领大家一起研究并学习一下“linux下Circos怎么安装”这篇文章吧。

linux下Circos安装

circos下载地址:http://circos.ca/software/download/circos/

下载后解压:

tar xvfz circos-0.67-pre4.tgz

然后进去circos-0.67-pre4目录下的bin目录

cd  circos-0.67-pre4/bin

检查所需模块:

./circos -modules
ok       1.26 Carp
ok       0.40 Clone
ok       2.63 Config::General
ok       3.40 Cwd
ok      2.145 Data::Dumper
ok       2.55 Digest::MD5
ok       2.84 File::Basename
ok       3.40 File::Spec::Functions
ok     0.2301 File::Temp

不是ok的都是缺少的perl模块,需要手动安装。

安装方法为使用perl CPAN安装这些perl模块。命令:

 perl -MCPAN -e shell

出现下面提示符,即可继续安装。

CPAN[1]>

以安装Clone模块为例,install命令安装,如下:

CPAN[1]>install  Clone

提示安装成功即可安装下一个模块。

如 perl -MCPAN -e shell命令失败,出现如下情况:

Can't locate CPAN.pm in @INC (@INC
contains: /usr/local/lib64/perl5 /usr/local/share/perl5
/usr/lib64/perl5/vendor_perl /usr/share/perl5/vendor_perl /usr/lib64/perl5
/usr/share/perl5 .).
 
BEGIN failed--compilation aborted.

则需先安装perl-CPAN,命令如下:

yum install perl-CPAN

注意:

其中GD模块安装前需安装GD作图库,命令为:

yum install gd*

有些模块安装可能会失败,这时候可强制安装:

CPAN[1]>force  install  Clone

所有模块安装完后在检查一遍:

./circos -modules

全部为ok即可。

以上是“linux下Circos怎么安装”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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