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如何使用fastp软件对fastq文件进行剪切

发布时间:2022-02-25 15:19:09 来源:亿速云 阅读:588 作者:小新 栏目:开发技术

这篇文章主要介绍如何使用fastp软件对fastq文件进行剪切,文中介绍的非常详细,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们一定要看完!

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

fastp是一款较新的数据质控软件,可以对测序数据进行处理。这里介绍如何对fastq文件进行剪切。

其命令如下:

fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8

参数:

--in1    read1输入文件

--out1    read1剪切后输出文件

--in2    read2输入文件

--out2    read2剪切后输出文件

--trim_front1    对read1的头部剪切

--trim_front2    对read2的头部剪切

--trim_tail1    对read1的尾部剪切

--trim_tail2    对read2的尾部剪切

--thread    设置线程数

以上是“如何使用fastp软件对fastq文件进行剪切”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!希望分享的内容对大家有帮助,更多相关知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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