1. 操作系统基础
Linux构建于Unix之上，是开源系统，具备高度灵活性与稳定性，适合长期不间断运行；Windows基于Windows NT架构，为闭源系统，提供直观的图形用户界面（GUI），更符合普通用户的操作习惯。
2. 用户界面
Linux主要通过命令行界面（CLI）操作，对熟练使用命令行的用户效率极高，但新手需掌握大量命令（如vsftpd配置文件的修改需编辑/etc/vsftpd.conf）；Windows提供直观的图形化界面（如IIS管理器、FileZilla Server GUI），通过鼠标点击即可完成FTP站点的添加、权限设置等操作，适合不熟悉命令行的用户。
3. 安全性
Linux的开源特性使社区能快速发现并修复安全漏洞，其权限管理（如用户/组权限划分）和内核设计（如最小权限原则）能有效抵御病毒与恶意软件攻击；Windows虽具备身份验证、访问控制、加密等安全功能，但因闭源性，安全漏洞修复可能滞后，且更易成为病毒攻击的目标。
4. 软件支持与兼容性
Linux拥有丰富的开源FTP软件（如vsftpd、ProFTPD、Pure-FTPd），支持与Linux/Unix设备、Apache/Nginx Web服务器、MySQL数据库等无缝集成；Windows与Microsoft生态系统深度绑定（如Active Directory用于身份管理、Exchange Server用于邮件协同、SQL Server用于数据库交互），第三方FTP软件（如Serv-U、FileZilla Server）也多针对Windows优化，兼容性更强。
5. 性能与稳定性
Linux系统资源占用低（如vsftpd仅占用少量内存），能长时间稳定运行，无需频繁重启，适合高并发、24小时不间断的文件传输场景（如网站资源更新、远程备份）；Windows服务器在处理图形或多媒体任务时性能较好，但频繁的系统更新与维护可能导致停机，稳定性略逊于Linux。
6. 成本
Linux作为开源系统，服务器版本（如Ubuntu Server、CentOS Stream）可免费下载使用，仅需支付硬件与运维成本，适合预算有限的企业与个人；Windows服务器需购买正版许可证（如Windows Server 2025 Standard版），且后续升级、技术支持需额外付费，成本较高。
7. 安装与配置难度
Linux的FTP软件安装需通过命令行（如sudo apt-get install vsftpd），配置文件为文本格式（如/etc/vsftpd.conf），需手动修改参数（如anonymous_enable=NO禁用匿名访问），对新手不够友好；Windows可选择图形化安装（如IIS通过“控制面板→程序→打开或关闭Windows功能”勾选FTP组件），配置界面直观（如IIS管理器中右键点击站点即可设置权限、身份验证），更适合快速部署。
