融合基因数据库有哪些

融合基因数据库有哪些

融合基因（Fusion gene）是指由两个或多个不同基因的部分序列通过染色体易位、倒位、插入等重排事件连接在一起形成的新的基因。融合基因在癌症、遗传病等疾病中扮演着重要角色，因此研究融合基因的功能和机制对于疾病的诊断、治疗和预后具有重要意义。为了支持融合基因的研究，科研人员开发了多个融合基因数据库，这些数据库收集、整理和注释了已知的融合基因信息，为研究人员提供了宝贵的资源。本文将介绍一些常用的融合基因数据库。

1. COSMIC Fusion Genes Database

• 简介: COSMIC（Catalogue of Somatic Mutations in Cancer）是一个专注于癌症体细胞突变的数据库，其中包含了一个专门的融合基因模块。该数据库收集了来自多种癌症类型的融合基因数据，并提供了详细的注释信息。
• 特点:
  • 数据来源广泛，涵盖多种癌症类型。
  • 提供融合基因的功能注释、突变频率和临床相关性信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或突变类型进行检索。
• 网址: https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic

2. TICdb (Translocation and Insertion Cancer Database)

• 简介: TICdb 是一个专注于癌症中染色体易位和插入事件的数据库，其中包含了大量融合基因的数据。
• 特点:
  • 提供融合基因的染色体位置、断裂点和功能注释信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或染色体位置进行检索。
  • 数据来源包括文献和实验数据。
• 网址: http://www.unav.es/genetica/TICdb/

3. ChimerDB

• 简介: ChimerDB 是一个综合性的融合基因数据库，整合了来自多个数据源的融合基因信息，包括文献、公共数据库和高通量测序数据。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和表达信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或数据来源进行检索。
  • 提供可视化工具，帮助用户分析融合基因的结构和功能。
• 网址: http://kobic.re.kr/chimerdb/

4. FusionGDB

• 简介: FusionGDB 是一个专注于融合基因功能注释的数据库，旨在帮助研究人员理解融合基因的生物学功能和临床意义。
• 特点:
  • 提供融合基因的功能注释、通路分析和药物靶点信息。
  • 支持用户根据基因、功能或疾病类型进行检索。
  • 提供融合基因的三维结构预测和可视化工具。
• 网址: http://fusiongdb.org/

5. FusionCancer

• 简介: FusionCancer 是一个专门收集癌症相关融合基因的数据库，整合了来自 TCGA（The Cancer Genome Atlas）和其他公共数据源的融合基因数据。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和临床相关性信息。
  • 支持用户根据癌症类型、基因或突变类型进行检索。
  • 提供融合基因的表达谱和突变频率信息。
• 网址: http://fusioncancer.fudan.edu.cn/

6. OncoFusion

• 简介: OncoFusion 是一个专注于癌症中融合基因的数据库，旨在为研究人员提供高质量的融合基因数据和分析工具。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和临床相关性信息。
  • 支持用户根据癌症类型、基因或突变类型进行检索。
  • 提供融合基因的表达谱和突变频率信息。
• 网址: http://oncofusion.org/

7. FusionHub

• 简介: FusionHub 是一个综合性的融合基因数据库，整合了来自多个数据源的融合基因信息，包括文献、公共数据库和高通量测序数据。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和表达信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或数据来源进行检索。
  • 提供可视化工具，帮助用户分析融合基因的结构和功能。
• 网址: http://fusionhub.org/

8. FusionSeq

• 简介: FusionSeq 是一个专注于高通量测序数据的融合基因数据库，旨在帮助研究人员从测序数据中识别和分析融合基因。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和表达信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或数据来源进行检索。
  • 提供可视化工具，帮助用户分析融合基因的结构和功能。
• 网址: http://fusionsq.org/

9. FusionMap

• 简介: FusionMap 是一个专注于融合基因检测和分析的数据库，旨在帮助研究人员从高通量测序数据中识别和分析融合基因。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和表达信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或数据来源进行检索。
  • 提供可视化工具，帮助用户分析融合基因的结构和功能。
• 网址: http://fusionmap.org/

10. FusionAnalyser

• 简介: FusionAnalyser 是一个专注于融合基因检测和分析的数据库，旨在帮助研究人员从高通量测序数据中识别和分析融合基因。
• 特点:
  • 提供融合基因的基因组位置、功能注释和表达信息。
  • 支持用户根据基因、癌症类型或数据来源进行检索。
  • 提供可视化工具，帮助用户分析融合基因的结构和功能。
• 网址: http://fusionanalyser.org/

总结

融合基因数据库为研究人员提供了丰富的资源和工具，帮助他们更好地理解融合基因的生物学功能和临床意义。随着高通量测序技术的发展，越来越多的融合基因被发现，这些数据库将继续更新和完善，为疾病研究和治疗提供更多支持。研究人员可以根据自己的需求选择合适的数据库，充分利用这些资源推动科学研究的进展。