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DGVa数据库有什么用

发布时间:2022-01-15 15:45:08 来源:亿速云 阅读:577 作者:小新 栏目:大数据

这篇文章将为大家详细讲解有关DGVa数据库有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

DGVa是一个来自EBI的染色体结构变异数据库,通过文献整理和科研人员提交两种方式,存储了多个物种的染色体结构变异信息,网址如下

https://www.ebi.ac.uk/dgva

如下图所示

DGVa数据库有什么用

该数据库与NCBI的dbvar数据库是合作关系,二者会及时的进行数据交换。该数据库的信息可以通过EBI的基因组浏览器或者biomart系统进行查看,同时也提供了FTP下载功能。另外,该数据库中的部分信息也导入到了DGV数据库中。

和dbvar数据库一致,该数据库中的信息也分为了以下3个level

  1. study,用std表示, 代表一个研究项目,该项目包含了一组结构变异分析结果,每个study有一个唯一的编号,如果来自NCBI,则以nstd开头,如果来自EBI,则以estd开头

  2. variant regions, 用sv表示,代表存在结构变异的基因组区域,同样有一个唯一的编号,如果来自NCBI,则以nsv开头,如果来自EBI,则以esv开头

  3. variant calls, 用ssv表示,代表一个具体的结构变异事件,包含了缺失,重复,CNV等多种类型,同样有一个唯一的编号,如果来自NCBI,则以nssv开头,如果来自EBI,则以essv开头


图示如下

DGVa数据库有什么用

通过Biomart可以灵活的查看和下载DGVa的数据,示意如下

DGVa数据库有什么用

官网也提供了以study为单位的下载功能,示意如下

DGVa数据库有什么用

DGva和dbvar的数据是同步的,只不过下载的文件格式不同,DGVa提供的是GCF格式,而dbvar则提供了CSV,TSV,VCF等多种格式。

关于“DGVa数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。

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