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MethyCancer数据库怎么用

发布时间:2022-01-15 17:44:46 来源:亿速云 阅读:274 作者:小新 栏目:大数据

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癌症作为人类健康的头号杀手,引起了科研工作者的官方关注。鉴于DNA甲基化修饰在肿瘤中的重要作用, MethyCancer数据库整合了DNA甲基化数据和基因表达谱数据,将癌症与相关的基因联系起来,

网址如下

http://methycancer.psych.ac.cn/

在数据库的首页,有人类染色体的标示图,可以快速的查看每条染色体上相关的数据概况。

MethyCancer数据库怎么用

MethyCancer中的甲基化数据共有5个来源:

  1. HEP

  2. MethDB

  3. UHN

  4. Columbia University

  5. BIG

对于这5个不同来源的数据,划分成了7种不同的类型

  1. Methylation region

  2. Methylation content

  3. Methylation pattern

  4. Methylation profile

  5. CpG Island I

  6. CpG Island II

  7. CpG Island III

具体的定义可以查看官网的详细说明。通过这个数据库,我们可以方便的检索到癌症相关的基因。

MethyCancer数据库怎么用

设置好检索条件之后,点击search 按钮,就可以看到如下结果:

MethyCancer数据库怎么用

点击对应的Cancer Name, 可以看到所有和该癌症相关的基因,比如Overview of breast tumors相关的基因,这些基因就可以作为该癌症研究对应的panel

MethyCancer数据库怎么用

在该数据库中,还提供了一个CpG岛的预测工具

MethyCancer数据库怎么用

输入一段fasta序列,然后定义好其他的几个阈值,提交就可以了。

最重要的一点,这个数据库是可以免费下载。

MethyCancer数据库怎么用

以上是“MethyCancer数据库怎么用”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注亿速云行业资讯频道!

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