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DARNED数据库有什么用

发布时间:2022-01-17 10:43:49 来源:亿速云 阅读:152 作者:小新 栏目:大数据

这篇文章给大家分享的是有关DARNED数据库有什么用的内容。小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,一起跟随小编过来看看吧。

DARNED数据库收录了human等多个物种的RNA编辑位点信息,除了最常见的A->I类型的RNA编辑外,还收录了部分C->U的RNA编辑位点,网址如下

https://darned.ucc.ie/

该数据库包含的物种如下

  1. Human

  2. Mouse

  3. Drosophila


官网提供了三种检索方式

1. region-based

Assembly选择对应的物种,然后根据Chromosome, start, end筛选对应的染色体区域上的RNA编辑位点信息,通过Limit,可以筛选特定基因区域,比如exon上的编辑位点信息,搜索框如下

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2. gene-based

gene-based支持直接检索某个基因上的RNA编辑位点信息,搜索框如下

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3. sequence-based

sequence-based支持直接输入一段序列,首先确定该序列在基因上的位置,然后给出对应区间的RNA编辑位点信息,搜索框如下

DARNED数据库有什么用

以human基因AHR为例,检索结果如下

DARNED数据库有什么用

在检索结果中,会给出每个RNA编辑位点的类型,染色体位置,对应的基因,SNP, 是否位于Alu重复序列上等信息。

该数据库是免费下载的,可以从以下链接下载到各个物种的RNA编辑位点信息

https://darned.ucc.ie/download/

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相比RADATR数据库,该数据库中收录的RNA编辑位点数量会少一些。


感谢各位的阅读!关于“DARNED数据库有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,让大家可以学到更多知识,如果觉得文章不错,可以把它分享出去让更多的人看到吧!

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