这篇文章主要介绍了Lnc2Catlas数据库有什么用，具有一定借鉴价值，感兴趣的朋友可以参考下，希望大家阅读完这篇文章之后大有收获，下面让小编带着大家一起了解一下。
lnc2Catlas是一个肿瘤相关的lncRNA数据库，网址如下
https://lnc2catlas.bioinfotech.org/home/
通过以下三种计算方式来分析肿瘤相关的lncRNA
通过RNAsnp预测SNP对lncRNA二级结构的影响，如果一个疾病相关的SNP位点位于某个lncRNA上，并且引起了lncRNA二级结构的改变，则认为该lncRNA与肿瘤有关
通过MaalCards和其他数据库分析lncRNA与protein之间的相互作用，如果一个lncRNA的互作蛋白与肿瘤相关，则认为该lncRNA也与肿瘤相关
通过lncRNA与mRNA共表达网络，利用TCGA数据库中的肿瘤表达谱数据，构建lncRNA-mRNA共表达网络，然后进行commmunity分析，得到高度相关的lncRNA与mRNA的集合，并进行后续的富集分析
目前该数据库中共收录了33种肿瘤，27670个lncRNA转录本的信息，通过Browse按钮，可以按照肿瘤类型查看相关信息，以乳腺癌为例，结果如下
每个子网是从利用总的共表达网络进行community分析的结果，示意如下
通过Search按钮，可以根据lncRNA id, snp id, 疾病名字对数据库进行检索，以lncRNAENST00000604692.1为例，包含了以下几种信息
包含lncRNA Id, 染色体定位，序列，二级结构等信息，示意如下
对于共表达网络中的cluster, 还提供了GO富集分析结果，示意如下
该数据库提供了下载功能，示意如下
感谢你能够认真阅读完这篇文章，希望小编分享的“Lnc2Catlas数据库有什么用”这篇文章对大家有帮助，同时也希望大家多多支持亿速云，关注亿速云行业资讯频道，更多相关知识等着你来学习!
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