eggnog-mapper软件的安装配置方法

# eggnog-mapper软件的安装配置方法

## 一、软件简介

eggnog-mapper（原eggNOG-mapper）是一款基于eggNOG数据库的功能注释工具，能够快速将基因序列映射到进化谱系中的直系同源组（Orthologous Groups, OGs），并提供功能注释、基因本体（GO）注释、KEGG通路注释等。该工具广泛应用于宏基因组学、转录组学和比较基因组学研究领域。

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## 二、安装前准备

### 1. 系统要求
- **操作系统**：Linux（推荐Ubuntu/CentOS）或macOS
- **依赖软件**：
  - Python ≥3.6
  - HMMER ≥3.1
  - DIAMOND ≥0.9.24
  - wget或curl（用于下载数据库）
  - 至少50GB可用磁盘空间（用于存储数据库）

### 2. 安装依赖工具
```bash
# Ubuntu/Debian系统
sudo apt update
sudo apt install -y python3 hmmer diamond-aligner wget

# CentOS系统
sudo yum install -y python3 hmmer diamond wget

三、安装eggnog-mapper

方法1：通过conda安装（推荐）

# 创建conda环境（可选）
conda create -n eggnog python=3.8
conda activate eggnog

# 安装eggnog-mapper
conda install -c bioconda eggnog-mapper

方法2：手动安装

# 下载最新版源码
wget https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/archive/refs/tags/2.1.6.tar.gz
tar -xzvf 2.1.6.tar.gz
cd eggnog-mapper-2.1.6

# 安装Python依赖
pip install -r requirements.txt

# 添加环境变量（临时生效）
export PATH=$PATH:$(pwd)

四、配置数据库

1. 下载eggNOG数据库

# 下载并解压数据库（约40GB）
download_eggnog_data.py -y --data_dir /path/to/eggnog_db

2. 设置数据库路径

# 方法1：通过环境变量
export EGGNOG_DATA_DIR=/path/to/eggnog_db

# 方法2：修改软件配置
emapper.py --data_dir /path/to/eggnog_db --database_name bact

五、测试安装

1. 运行测试案例

emapper.py -i test.fa --output test_output -m diamond

2. 验证输出文件

检查是否生成以下文件： - test_output.emapper.annotations（注释结果） - test_output.emapper.seed_orthologs（种子直系同源基因）

六、常见问题解决

1. 数据库下载失败

• 解决方案：手动下载并解压

  
  wget http://eggnogdb.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz
  gunzip eggnog_proteins.dmnd.gz
  

2. DIAMOND报错

• 错误示例：diamond blastp not found
• 解决方案：确保DIAMOND已加入PATH

  
  ln -s /path/to/diamond /usr/local/bin/
  

3. 内存不足

• 建议：对大型数据集分块运行

  
  emapper.py --cpu 16 -m diamond --chunk_size 500000
  

七、进阶配置

1. 使用HMMER模式

emapper.py -i input.fa -o output --hmmer --cpu 8

2. 自定义注释参数

emapper.py --pident 80 --evalue 1e-5 --tax_scope 2

八、参考文献

• eggnog-mapper官方文档
• Huerta-Cepas J, et al. (2017) Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper. Molecular Biology and Evolution, 34(8):2115-2122.

”`

注：本文基于eggnog-mapper v2.1.6编写，实际使用时请根据最新版本调整命令参数。