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如何使用Perl脚本得到反向互补序列

发布时间:2022-02-23 10:59:05 来源:亿速云 阅读:532 作者:小新 栏目:开发技术

这篇文章将为大家详细讲解有关如何使用Perl脚本得到反向互补序列,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

Perl脚本求得反向互补序列函数如下:

sub reverse_complement_IUPAC {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ABCDGHMNRSTUVWXYabcdghmnrstuvwxy/TVGHCDKNYSAABWXRtvghcdknysaabwxr/;
        return $revcomp;
}
sub reverse_complement {
        my $dna = shift;
        # reverse the DNA sequence
        my $revcomp = reverse($dna);
        # complement the reversed DNA sequence
        $revcomp =~ tr/ACGTacgt/TGCAtgca/;
        return $revcomp;
}

用法,以reverse_complement 为例:

$str = &reverse_complement($a);

#$a变量里存放序列字符串,$str为求得的反向互补序列。

关于“如何使用Perl脚本得到反向互补序列”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。

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